Output vcf - #1

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Nara88 wants to merge 11 commits into

AlgoLab:masterfrom

Nara88:output-vcf

Commits on May 17, 2016

inserito lo script python che a partire da un file di allineamenti e un file di annotazioni su SNPs restituisce calcola alcune statistiche.
ddcatania
committed
552de14
Inserimento script per conversione BAM to WIF. Da completare!
ddcatania
committed
22d3c35

Commits on May 18, 2016

qualche correzione ai log
ddcatania
committed
9c219b2
qualche correzione ai log
ddcatania
committed
dcf3cc3
Aggiunta possibilità di decidere in fase di esecuzione dello script il delimitatore dei campi dei file di annotazione e lo skip della prima riga
ddcatania
committed
3bcd3a1

Commits on May 22, 2016

fix sui log
ddcatania
committed
1f0a0ef

Commits on Jun 13, 2016

nuova versione. Carica in memoria la mappa di SNPs, la scorre e per ogni read allineato allo snp controlla se questo si allinea con l'allele di maggioranza, di minoranza o altro.
ddcatania
committed
1cb00ed

Commits on Jun 21, 2016

Calcola i due alleli con maggior frequenza e secondo una certa soglia 'epsilon' classifica gli SNP in omozigote o eterozigote
ddcatania
committed
4ee1395

Commits on Sep 29, 2016

Add files via upload
Nara88
authored
d6d64bc

Commits on Oct 2, 2016

Delete Vcf_conversion.rb
Nara88
authored
268aa70
src/output-vcf/Vcf_conversion.rb
Nara88
authored
5f32b74